それぞれの状況で最適なやり方は違ってくるかもしれません。組織の大きさや仕事の内容、保存されるデータの種類や大きさなどで。大きな組織であればIT管理の専門部署があるので、アドバイスを受けられるはず。ただ、
企業研究者の方からよく聞かれる悩みは
・ファイル名の付け方が人によってバラバラで統一されていない
・どのフォルダに何が入っているかわからない
・他の人（部署）が作ったファイルや昔のファイルをすぐに探せない
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デジタルデータは物理的に場所をとらず、検索できるのがいいところではありますが、検索ワードが適切でないとヒットしてこない。目で探すには時間がかかりすぎる。しかし最近のファイルであれば、検索ワードをあれこれ試すよりも、最初から目星のつけやすいファイル名をつけておいてさっと目を通す方が早いこともあります。
そういうファイル名のつけ方には一つの条件があります。それは
”揃って見える”こと
ファイル名のタイトルとして、日付を先に書いてその後文字を書く、という方法であれば揃って見え、日付順の並べ替えで最新のを一番上に表示できますので、”整頓されて”見える状態が楽に作れます。
新しい保存方法にする、というときには下記のように西暦の下２桁、月（２桁）、日（２桁）で
20xxxx_なんとか会議議事録
とか
20xxxx_なんとかの実験
のようにつけておく。
同じ事柄について複数のファイル（例えば生データのエクセルファイルと実験手順を書いたワードファイル、データ報告用のパワーポイントファイル）が発生する場合、一つのフォルダにまとめます。
データファイルについてはほとんどの場合複数のファイルをまとめる必要があるため、すべてのファイルをフォルダに入れます（ファイルが一つしかなくてもフォルダに入れています）。フォルダの名前も上に書いたように日付を先に。
”そろって見える”ことは、ファイルの内容にはなんの影響もないのですが、探しやすくなるだけでなく整頓された状態を維持しようというモチベーションに繋がりますので、フォーマットを揃えるのは意味があることだと言えるでしょう。
過去のファイルは？
キーワード検索や保存日検索をするので、改めて名前を付け直す手間をかけなくてもいい。使用頻度が低いファイルについて新ルールを適用してファイル名を付け直そうとすると手間暇がかかります。そうすることで大きなメリットが生まれる、あるいはどうしても必要、という場合を除き、まとめて過去ファイルフォルダに入れます。しばらく（半年〜1年）これで運用して見て、不都合があれば変えて行けばいいでしょう。